李鸿章、沈葆桢等大员纷纷上奏辩论，最终撤废一事不了了之。

在浙江碰壁的“湄云”舰有些无精打采地回到船政，管驾吴世忠被调任新造的“飞云”舰管带，由都司杨益宝接任“湄云”管驾一职。1872年应盛京将军申请，“湄云”舰拨往奉天牛庄口岸（营口港），所需经费、薪粮从牛庄海关四成洋税项下支应。1872年8月13日，杨益宝管带“湄云”从马尾出发，首先渡海至台湾基隆装载燃煤，19日装载完毕后鼓轮北上，23日抵达上海购买各项物料，30日从上海起行，于9月4日到达牛庄营口港。盛京将军为训练人员，专门从八旗水师中调出50名旗兵编入“湄云”舰，从此“湄云”舰成为北洋的一艘巡防炮舰，(23)后来以在北洋海面捕获巨盗而闻名。

由于北方海面冬季冰封，按照三口通商大臣等的安排，“湄云”舰每年冬季按例返回福建船政维修保养，到次年开春再北上。正因为此，仿佛与这艘军舰冥冥中有种缘份，曾经的湄州营游击、“湄云”首任管驾吴世忠后来又有了一次、也是最后一次与这艘军舰的合作。

1879年3月13日，运送官盐的商船“金长成”号在马江口外的赤屿洋面遭遇大风，桅杆折断，船内漏水，被迫驶入附近的松下港口（在今天福建长乐境内）避风待救。得到警讯，为了拖出这艘商船，船政派已升任提督衔记名总兵、船政舰队督操（即船政舰队司令），兼任“扬武”舰管驾的吴世忠设法前往救援。由于松下港口水浅，以“扬武”的吃水根本无法靠近，于是吴世忠改挑选南下过冬的80马力军舰“湄云”，亲自上舰督率前往。