又赶到云南保着永历皇帝，誓死抗清。永历帝封张同敞总督的官职，让他协调各路兵马。可实际的兵权却都在各路的将领手中，大家人心思散，根本不听指挥。张同敞只有希望能以一腔热血感动所有的人。所以打仗的时候，他作为一介书生，前进的时候，总是一马当先，而士气动摇的时候，他则端坐不动。多少次，他以个人的气概稳定了军心，渐渐地，他取得了将士们的信任与爱戴。

可毕竟大势已去，毕竟独木难支。永历五年，也就是在张同敞坚持抗战了八年之后，清兵攻入广西，永历帝逃往梧州，桂林的军队溃散，只剩下一座空城。而抗清名将瞿式耜留守空城，坚决不肯走。张同敞听说之后，只身一人，泅水渡江，来见瞿式耜。

瞿式耜见到张同敞说：“我为留守，当然要死在桂林。总督你没有守土的责任，还是离开吧！”

张同敞握着瞿式耜说：“古人耻独为君子，先生为什么不让同敞我与你共生死呢？”

听了这话，瞿式耜热泪盈眶，说：“别山，你不愧出自忠孝之家！”

别山是张同敞的号，瞿式耜那意思是说，你真不愧是张居正的后代啊！

瞿式耜端出酒来，外面风雨大作，二人则正襟危坐，秉烛达旦。